Жеребьёвка проводилась путём случайного выбора в четыре дивизиона 24 команд из шести корзин, скомпонованных в соответствии с рейтингом клубов по итогам регулярных чемпионатов последних пяти лет.

На первом этапе жеребьёвки клубы узнали свой порядковый номер, то есть номер посева в корзине. Непосредственно процесс извлечения номеров из одинаковых шариков-контейнеров был отдан на откуп известным российским хоккеистам Олегу Кваше, Олегу Сапрыкину, Альберту Лещёву, Виталию Еремееву, Андрею Николишину и Николаю Пронину. В результате корзины перед распределением на дивизионы приняли следующий вид:

Первая корзина:
1.»Металлург» Мг, 2.»Салават Юлаев», 3.»Авангард»; 4.»Ак Барс»;
Вторая корзина:
1.ЦСКА, 2.»Динамо» (Москва), 3.»Локомотив», 4.»Атлант» (экс-«Химик»);
Третья корзина:
1.СКА, 2.»Лада», 3.»Северсталь», 4.»Нефтехимик»;
Четвёртая корзина:
1.»Витязь», 2.»Металлург» Нк, 3.»Сибирь», 4.ХК МВД;
Пятая корзина:
1.»Торпедо», 2.»Трактор», 3.»Амур», 4.»Спартак»;
Шестая корзина:
1.»Динамо» (Рига), 2.»Динамо» (Минск), 3.»Автомобилист», 4.»Барыс».

Окончательный состав дивизионов КХЛ определился во втором этапе церемонии, который проводили заместитель Председателя Правительства РФ Сергей Нарышкин, заместитель председателя правления «Газпрома» и председатель совета директоров СКА, главный организатор КХЛ Александр Медведев, губернатор Нижегородской области Валерий Шанцев, президент ОАО «Магнитогорский металлургический комбинат» Валерий Рашников, председатель Комитета Государственной Думы РФ по гражданскому, уголовному, арбитражному и процессуальному законодательству, председатель Попечительского Совета Федерации хоккея России Павел Крашенников и первый заместитель председателя Комитета Государственной Думы РФ по энергетике Валерий Драганов.

Сначала распределялись клубы самой рейтинговой, первой корзины, затем — «новички» из шестой. Потом своё место в грядущем чемпионате получили и команды с пятой по вторую корзины посева. Состав Открытого чемпионата России сезона-2008/09, в котором клубы будут бороться за звание чемпиона России и за обладание Кубком Гагарина, выглядит, в итоге, так:

Дивизион Харламова
«Авангард» (Омская область), «Динамо» (Рига), «Амур» (Хабаровск), «Сибирь» (Новосибирск), «Лада» (Тольятти), «Локомотив» (Ярославль)

Дивизион Боброва
«Салават Юлаев» (Уфа), «Динамо» (Минск), «Спартак» (Москва), «Металлург» (Новокузнецк), «Северсталь» (Череповец), «Атлант» (Московская область)

Дивизион Тарасова
«Металлург» (Магнитогорск), «Автомобилист» (Екатеринбург), «Трактор» (Челябинск), ХК МВД (Московская область), СКА (Санкт-Петербург), ЦСКА (Москва)